Zu Beginn sieht man die "Erschaffung" der Agenten, ihre Ausbildung, die Tätowierung von Strichcodes auf dem Hinterkopf und die missglückte Flucht zweier Agenten im Kindesalter aus dem Labor - sie werden von einem Scharfschützen erschossen (Ausschnitte aus James Camerons Dark Angel). Die Handlung beginnt im Haus von Interpol Ermittler Mike Whittier, der nach Hause kommt und Agent 47 in seinem Arbeitszimmer entdeckt. Da er vorher seine Waffe in der Küche abgelegt hat, kann er nicht reagieren. Agent 47 fragt ihn, wie ein guter Mensch entscheidet, wann er jemand anderen töten dürfe.
In der nächsten Szene erfolgt ein Rückblende von 3 Monaten, Agent 47 führt einen Auftrag in Shanty Town - Niger durch, wo er einen von einem dort herrschenden Warlord gesuchten Mann als Köder benutzt. Er lässt diesen Mann zuvor Sprengstoff schlucken und näht ihm eine Wanze in den Hals ein, durch die er aus sicherer Entfernung den Warlord belauscht, bis dieser dem Hinterhalt auf die Schliche kommt. Beim Versuch zu fliehen tötet Agent 47 den Warlord durch den Köder, indem er mit einem Fernzünder die Bombe zündet. Kurz darauf sieht man Agent 47 bei seinem nächsten Auftrag in St. Petersburg. Er erhält die Mitteilung, dass sein Auftraggeber ihm neue Parameter zukommen lassen will und dass er sein Ziel, den russischen Präsidenten Mikhail Belicoff, in der Öffentlichkeit töten muss. 47 ist bei seinem Auftrag erfolgreich, indem er vor dem eigentlichen Mord zunächst einen in der Schusslinie stehenden Leibwächter und dann Belicoff selbst mittels eines Scharfschützengewehrs aus vier Kilometer Distanz ausschaltet. Vor seiner Abreise aus Russland erfährt 47, dass die Zeugin Nika Boronina ihn bei seiner Tat beobachtet haben soll und ebenfalls ausgeschaltet werden muss. Als er ihr auf der Straße gegenüber steht, zögert er, da sie ihn nicht wiedererkennt und ihn offensichtlich nie zuvor gesehen hat. Die Situation eskaliert, als ein Zivilist zufällig eine Kugel abfängt, die für Agent 47 bestimmt war und von einem Agenten der Agentur abgefeuert wurde. 47 verschwindet wieder in der Masse, während der andere Agent noch versucht, ihn auszuschalten. Auch wird Belicoffs angeblicher Tod in den Medien als Streifschuss dargestellt, wobei 47 selber gesehen hat, dass er mitten ins Ziel getroffen hat.
47 konfrontiert seine Kontaktperson mit der Frage, wer Nika tot sehen will, da sie keine Zeugin sein kann und warum Belicoff in den Medien als leicht verwundet bezeichnet wird; er erhält allerdings keine Antworten mehr. Just in diesem Moment ziehen außerhalb der Hotelsuite Spezialkräfte auf. Mit dabei sind Mike Whittier und sein Partner, die die Adresse über einen Tipp bekommen haben. Sie treffen auf den FSB, der von seinem Chefermittler Yuri Marklov bei diesem Einsatz geleitet wird. Marklov sendet ein Sondereinsatzkommando in das Hotel, um 47 festzunehmen. Die ominöse Kontaktperson Diana ruft derweil den Attentäter über ein Telefon an und erklärt ihm, dass der Auftraggeber für den Tod von Belicoff dieser selbst war und seine Position von der Agentur verraten wurde. Kurz danach greift das Einsatzkommando an. Bei der anschließenden Flucht tötet er 16 Kommandokräfte und entkommt über einen Sprung vom Balkon in die Newa.
Agent 47 taucht nicht unter sondern entscheidet sich dafür, seiner einzigen Spur zu folgen und entführt Nika, die kurz darauf erfährt, dass ihr Fahrer sie töten sollte. Bei ihrer Verhörung erzählt sie, dass er Belicoffs Doppelgänger getötet haben könnte, doch 47 glaubt ihr nicht, lässt sie aber leben. Die beiden versuchen, mit dem Zug St. Petersburg zu verlassen, werden am Bahnhof aber von vier Agenten abgefangen. 47 tötet drei von ihnen im bewaffneten Nahkampf und erschießt daraufhin den vierten Agenten, der nach einer Befragung nicht sagen wollte, warum 47 gejagt wird. Kurz darauf trifft er auf Whittier und seinen Partner. Er schießt Whittiers Partner in den Arm, verschont aber sein Leben. Whittier wird angeschossen, aber die Kugel hat seine Schutzweste nicht durchdrungen. Nika, die ihm gefolgt ist, bittet um Gnade und 47 verzichtet auf seine Exekution. Nika und 47 entkommen.
Agent 47 arrangiert ein Treffen mit Agent Smith von der CIA, dem er einen Handel vorschlägt: Smith hilft ihm irgendwann in der Zukunft und 47 tötet Belicoffs Bruder Udre, einen Waffen- und Sklavenhändler. Smith akzeptiert und gibt ihm die nötigen Informationen für die Tat. 47 und Nika reisen nach Istanbul, wo 47 erfolgreich Udre tötet.
Der Tod von Udre dient dem Zweck, Belicoffs Doppelgänger in die Öffentlichkeit zu locken. Er ist zusammen mit Yuri Marklov Teil eines Komplotts mit dem Ziel, eine vom FSB und anderen Hardlinern kontrollierte Marionette an die Spitze Russlands zu setzen. 47 entführt Yuri Marklov und zwingt ihn, seinen eigenen FSB Agenten anzuweisen, Belicoff bzw. dessen Doppelgänger zu töten, wenn dieser die Grabrede für seinen Bruder Udre hält. 47 verkleidet sich als Soldat und fängt Belicoffs Doppelgänger auf der Flucht aus der Kirche ab und tötet ihn. Dann lässt er sich von Whittier verhaften und abtransportieren. Jedoch taucht dann Agent Smith überfallartig auf und ermöglicht so 47 die Flucht.
Nach einer Vorausblende auf die anfängliche Situation in Whittiers Haus, macht 47 Whittier ein Angebot: Auf dem Sofa in Whittiers Arbeitszimmer liegt ein toter Agent der Agentur, der mit der Waffe von Whittier getötet wurde. Nach der Unterhaltung sagt 47 zu Whittier, dass er hofft, ihn nie wieder sehen zu müssen, beider Willen zuliebe.
Danach sieht man Nika, wie sie einen Umschlag mit unbekanntem Absender von der Post abholt. Im Umschlag sind die Papiere für ein Weingut, da sie 47 von ihrem Kindheitstraum, ein eigenes Weingut zu besitzen, erzählt hat. 47 beobachtet sie aus der Nähe durch das Zielfernrohr eines Scharfschützengewehrs. Er schaut zu einer Leiche am Boden, sagt, dass sie Nika besser in Ruhe gelassen hätten, dreht sich um und geht. weniger
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