Der Film beginnt unmittelbar nach dem Ende von Matrix Reloaded. Neo liegt scheinbar in einem Koma an Bord der Hammer, nachdem er mehrere Wächter ausgeschaltet hat. Bane, der einzige Überlebende der verheerenden Schlacht, befindet sich ebenfalls ohnmächtig an Bord. In Matrix Reloaded wurde Bane von Smith überschrieben, während er den Rücktransfer aus der Matrix einleitete, wodurch Smiths anstatt Banes Geist in Banes Körper transferiert wurde.
Da Neo Gehirnaktivitäten aufweist, wie sie nur jemand hat, der in die Matrix eingeklinkt ist, vermutet Morpheus ihn in der Matrix und lässt ihn suchen. Allerdings befindet sich Neo nicht in der Matrix, sondern in einer Zwischenwelt, die aussieht wie eine U-Bahn-Station, die dem Merowinger als... mehr
Der Film beginnt unmittelbar nach dem Ende von Matrix Reloaded. Neo liegt scheinbar in einem Koma an Bord der Hammer, nachdem er mehrere Wächter ausgeschaltet hat. Bane, der einzige Überlebende der verheerenden Schlacht, befindet sich ebenfalls ohnmächtig an Bord. In Matrix Reloaded wurde Bane von Smith überschrieben, während er den Rücktransfer aus der Matrix einleitete, wodurch Smiths anstatt Banes Geist in Banes Körper transferiert wurde.
Da Neo Gehirnaktivitäten aufweist, wie sie nur jemand hat, der in die Matrix eingeklinkt ist, vermutet Morpheus ihn in der Matrix und lässt ihn suchen. Allerdings befindet sich Neo nicht in der Matrix, sondern in einer Zwischenwelt, die aussieht wie eine U-Bahn-Station, die dem Merowinger als eine Art Abstellbahnhof für bestimmte Programme der Matrix dient. Von hier kann ihn nur ein Programm namens Trainman herausholen. Dies alles erfahren Morpheus und Trinity, als sie sich nach einem Anruf von Seraph zum Orakel begeben.
Mit den neuen Informationen über den Verbleib von Neo statten sie dem Merowinger einen Besuch in der Diskothek Club Hel ab. Er schlägt ihnen einen Handel vor, doch Morpheus, Seraph und Trinity lehnen ab; nach einem kurzen Kampf gelingt es Trinity, den Merowinger mit einer Waffe zu bedrohen. Schließlich lenkt der Merowinger ein und gibt Neo frei.
Nach der Freilassung besucht Neo das Orakel. Dieses gibt ihm neue Informationen über seine Aufgaben. Anschließend kehren alle in die reale Welt zurück. Währenddessen hat man das Schiff von Niobe und einige Überlebende gefunden. Da jedes Schiff für den Endkampf um Zion gebraucht wird, versucht man, es wieder startklar zu machen. In der Zwischenzeit nimmt Smith das Haus des Orakels ein und überschreibt Seraph, Sati (ein indisches Mädchen) und das Orakel. Es wird deutlich, dass Smith nach dem Überschreiben auf Gedanken seiner Opfer zugreifen kann.[1]
Bane ist inzwischen auch wieder aufgewacht und muss als einziger Überlebender der großen Schlacht den Anwesenden Rede und Antwort stehen. Er selbst könne sich aber an nichts erinnern. Als ihm die Ärztin ein Serum spritzen möchte, damit er sich erinnern kann, gesteht er die Sabotage und seine Schuld am Tod von tausenden Menschen, bevor er die Ärztin tötet.
Neo erklärt den anderen, dass er jetzt wisse, was er zu tun habe. Niobe überlässt ihm und Trinity ihr Schiff, die Logos, damit sie zur Maschinenstadt gelangen können. Alle anderen werden mit dem zweiten Schiff durch einen Versorgungsschacht zurück nach Zion gebracht, wobei man hofft, noch in die Endschlacht eingreifen zu können. Währenddessen bereitet man sich in Zion auf die bald durchbrechenden Wächter vor.
Neo und Trinity wollen gerade mit der Logos starten, als eine Sicherung ausfällt. Als Trinity nachschaut, wird sie von Bane, der sich unbemerkt auf ihr Schiff geschlichen hat, angegriffen und überwältigt. Ein Zweikampf entbrennt, als Neo eingreift. Bane stößt ihm ein elektrisches Kabel ins Gesicht, wobei seine Augenpartie durch einen Kurzschluss verbrennt und er völlig erblindet. Trotz der großen Schmerzen erkennt er jetzt, dass Smith in Bane steckt. Trotz seiner verstümmelten Augen ist er Smith immer noch überlegen und schafft es, diesen zu überwältigen.
In Zion sind derweil die Wächter in das Dock eingedrungen und es beginnt die Endschlacht um die Stadt. Niobe und ihrer Crew gelingt es, durch den Versorgungstunnel bis zum Dock vorzudringen und durch den Einsatz des EMP alle dort befindlichen Wächter auf einmal auszuschalten. Dabei zerstören sie aber auch alle elektronischen Verteidigungstechniken im Dock. Die Menschen ziehen sich in den Tempel zurück, um sich dort mit den letzten Mitteln den Maschinen in den Weg zu stellen.
In der Zwischenzeit sind Neo und Trinity an der Erdoberfläche trotz zahlreicher Wächter bis an das Zentrum der Maschinenstadt herangekommen. Neo konnte mit seiner Macht einen Teil der Maschinen zerstören. Durch ein Ausweichmanöver können sie die restlichen Wächter abschütteln, aber sie verlieren die Kontrolle über das Schiff und stürzen ab. Trinity wird bei dem Aufprall tödlich verletzt und stirbt in Neos Armen. Trotz des Verlustes und seiner Blindheit betritt er nun die gewaltige Maschinenstadt. Dort wird Neo von einer Art Supercomputer, der "Quelle", empfangen. Er erklärt ihr, dass Smith außer Kontrolle geraten sei und so jetzt auch eine Gefahr für die Maschinenstadt darstelle; Neo bietet als Gegenleistung für einen Friedensschluss an, Smith zu besiegen.
Die Quelle willigt ein und verbindet Neo mit der Matrix, in der Smith mittlerweile mit der Zerstörung fortgefahren ist. Es kommt zum entscheidenden Kampf, den ein Smith allein bestreitet, da er sich sicher ist, dass er siegen wird. Als schließlich Neo am Boden liegt, spricht Smith davon, wie er dies vorausgesehen habe, und gibt, beseelt vom Orakel, einen ihrer Sätze wieder: "Alles, was einen Anfang hat, hat auch ein Ende, Neo.". Neo gibt daraufhin scheinbar auf und lässt sich von Smith überschreiben. So wird nun aus Neo und Agent Smith ein einziges Programm. Da Neo jedoch noch immer an den Supercomputer der Maschinenstadt angeschlossen ist, hat dieser nun wieder Einfluss auf die Matrix und damit auch auf Smith, denn für einen Moment sind beide in der Matrix identisch. Er nutzt nun seine Chance und speist in Neo die erforderlichen Daten ein, um Smith zu löschen wobei auch Neo stirbt.
Kurz darauf verlassen die Überlebenden in Zion den Tempel, da zu ihrem Erstaunen die Wächter den Angriff eingestellt haben. Morpheus und ihnen wird klar, dass sich Neo geopfert hat. Gleich darauf wird die Matrix neu gestartet. Am Ende des Films sieht man, wie sich Mutter und Vater der Matrix, also das Orakel und der Architekt, vor einem Sonnenaufgang in der Matrix treffen. Der Architekt stellt die Frage, wie lange dieser Frieden halten solle, woraufhin das Orakel antwortet, so lange wie möglich. weniger
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