Thomas A. Anderson ist Programmierer bei einer weltweit erfolgreichen Softwarefirma und lebt einen unauffälligen Alltag. In seinem Privatleben jedoch ist er ein professioneller Hacker, der unter dem Pseudonym Neo Aufträge gegen Bezahlung ausführt. Doch seit Jahren beschäftigt ihn das Gefühl, dass mit seinem Leben irgendetwas nicht zu stimmen scheint. Im Internet sucht er schon lange nach dem Anführer einer geheimnisvollen Untergrundbewegung mit dem Decknamen Morpheus. Von ihm erhofft er sich die Erlösung von der ihn quälenden Ungewissheit. Ohne sein Wissen wird er aber bereits vom Geheimdienst beobachtet. Als Neo Morpheus endlich treffen kann, erfährt er, dass er selbst die zentrale Frage bereits kenne: "Was ist die Matrix?". Morpheus, den Neo durch die Hackerin Trinity kontaktieren konnte, eröffnet ihm auch den eigentlichen Grund seiner Suche.
"Ich will dir sagen, wieso du hier bist. Du bist hier, weil du etwas weißt. Etwas, das du nicht erklären kannst. Aber du fühlst es. Du fühlst es schon dein ganzes Leben lang, dass mit der Welt etwas nicht stimmt. Du weißt nicht was, aber es ist da. Wie ein Splitter in deinem Kopf, der dich verrückt macht. Dieses Gefühl hat dich zu mir geführt." - Morpheus
Morpheus eröffnet Neo, dass es schwierig sei zu erklären, was die Matrix ist, und dass jeder sie selbst erleben müsse. Er stellt ihn vor die Wahl: Entweder entscheide er sich für die Wahrheit oder dafür, sein Leben als Thomas A. Anderson fortzusetzen. Neo wählt Ersteres und wird aus der Matrix befreit.
Er erwacht in einer für ihn bis dahin unvorstellbaren Realität: Bis auf wenige Überlebende und Befreite werden alle Menschen von intelligenten Maschinen in riesigen Zuchtanlagen als Energiequelle benutzt. Ihre Gehirne sind an eine komplexe Computersimulation, die Matrix, angeschlossen, die ihren Geist kontrolliert. Es hält sie in einer virtuellen Welt gefangen, die ihnen als das wirkliche Leben erscheint. Die Agenten, die Neo verfolgt hatten, entpuppen sich als Programme zum Schutz der Matrix.
Laut Morpheus geriet Anfang des 21. Jahrhunderts die Entwicklung der Künstlichen Intelligenz außer Kontrolle. Die Menschen verdunkelten den Himmel, um den solarbetriebenen Maschinen die Energiequelle zu nehmen. Die intelligenten Maschinen passten sich der Veränderung an und unterwarfen die Menschheit, die sie seitdem als Energiequelle züchten.
Die befreiten Menschen können in die Matrix eindringen, um einzelne Menschen aus der Sklaverei der Maschinen zu befreien. Ihr Körper bleibt schutzlos in der Realität zurück. Allerdings, so Morpheus, werden nur junge, noch geistig flexible Menschen befreit, die die Realität akzeptieren können. Morpheus glaubt an die bevorstehende Rückkehr des Auserwählten. Dieser hatte die Matrix durchschaut, die ersten Menschen befreit und den Widerstand begründet. Laut Prophezeiung des Orakels wird Morpheus den Auserwählten in der Matrix finden. Morpheus glaubt, dass Neo der Auserwählte ist, weshalb er ihn befreit hat. Er bildet Neo umfassend in Kampfkünsten virtuell aus und verdeutlicht ihm, dass Denken sinnlos sei und Handeln allein zum Erfolg führe. Als Neo zum Orakel, einer Hausfrau mittleren Alters, in der Matrix gebracht wird, offenbart ihm dieses den zentralen Satz seiner Existenz: "Erkenne dich selbst".
Als Agent Smith Morpheus gefangen nimmt, steht Neo vor einer Entscheidung. Die Agenten können durch Morpheus an Daten über Zion kommen, die letzte Stadt freier Menschen, die sie vernichten wollen. Um das zu verhindern, will die Crew die Verbindung zwischen Morpheus Körper und der Matrix trennen, was zu seinem Tod führt. Neo erkennt diese Situation im Orakelspruch wieder und entschliesst sich, Morpheus zu befreien. Neo und Trinity gehen in die Matrix, stellen sich den Agenten und befreien Morpheus.
Als Neo, Morpheus und Trinity die Matrix verlassen wollen, werden sie von Agent Smith aufgespürt. Morpheus und Trinity können entkommen. Obwohl gewarnt, dass noch niemand eine Konfrontation mit einem Agenten überlebt hat, stellt sich Neo Agent Smith. Nach einem Kampf und einer Verfolgungsjagd wird Neo von Agent Smith erschossen. Trinity ist wegen einer ihr vom Orakel offenbarten Prophezeiung davon überzeugt, dass Neo lebt. Sie spricht zu ihm und gibt ihm einen Kuss, der den Inhalt jener Prophezeiung bestätigt. Neo erwacht, kann den Matrix-Code sehen und kontrollieren. Damit ist er in der Lage, Agent Smith zu besiegen und die Weichen für einen Neuanfang der Menschheit zu stellen. weniger
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